Edwin Abbott Abbott war der älteste Sohn von Edwin Abbott (1808-1882), Rektor der Philological School, Marylebone, und seiner Frau Jane Abbott (1806-1882). Seine Eltern waren Cousins ersten Grades.

Er wurde in London geboren und besuchte die City of London School und das St. John's College in Cambridge, wo er in den Fächern Klassik, Mathematik und Theologie die höchsten Auszeichnungen seiner Klasse erhielt und Fellow seines Colleges wurde. Insbesondere war er 1861 1st Smith's prizeman. 1862 wurde er zum Priester geweiht. Nachdem er an der King Edward's School in Birmingham unterrichtet hatte, trat er 1865 im Alter von 26 Jahren die Nachfolge von G. F. Mortimer als Rektor der City of London School an. Dort beaufsichtigte er die Ausbildung des zukünftigen Premierministers H. H. Asquith. Abbott war 1876 Hulsean-Dozent.

Im Jahr 1889 ging er in den Ruhestand und widmete sich literarischen und theologischen Aktivitäten. Abbotts liberale Neigungen in der Theologie spiegeln sich sowohl in seinen pädagogischen Ansichten als auch in seinen Büchern wider. Seine Shakespearian Grammar (1870) ist ein bleibender Beitrag zur englischen Philologie. Im Jahr 1885 veröffentlichte er ein Leben von Francis Bacon. Zu seinen theologischen Schriften gehören drei anonym veröffentlichte religiöse Romane - Philochristus (1878), in dem er versuchte, das Interesse an der Lektüre der Evangelien zu wecken, Onesimus (1882) und Silanus the Christian (1908).

Weitere wichtige Beiträge sind die anonyme theologische Diskussion The Kernel and the Husk (1886), Philomythus (1891), sein Buch The Anglican Career of Cardinal Newman (1892) und sein Artikel The Gospels" in der neunten Ausgabe der Encyclopædia Britannica, in dem er eine kritische Sichtweise vertritt, die in der englischen theologischen Welt großes Aufsehen erregt. Er schrieb auch St. Thomas of Canterbury, His Death and Miracles (1898), Johannine Vocabulary (1905) und Johannine Grammar (1906).

Abbott schrieb auch Lehrbücher, darunter Via Latina: A First Latin Book, das 1880 veröffentlicht und weltweit im Bildungswesen verbreitet wurde.